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Seedlessness is greatly prized by consumers of fresh grapes. Here, we undertook an integrative approach to identify the causal mutation. Quantitative genetics and fine-mapping in two 'Crimson Seedless'-derived F1 mapping populations confirmed the major effect of the SDI locus and delimited the sdi mutation to a kb region on chromosome RNA-sequencing comparing seed traces of seedless and seeds of seeded F1 individuals identified processes triggered during sdi -determined seed abortion, including the activation of salicylic acid-dependent autoimmunity. The RNA-sequencing data set was investigated for candidate genes, and while no evidence for causal cis-acting regulatory mutations was detected, deleterious nucleotide changes in coding sequences of the seedless haplotype were predicted in two genes within the sdi fine-mapping interval. Targeted resequencing of the two genes in a collection of grapevine cultivars showed that only the point variation causing the arginineto-leucine substitution in the seed morphogenesis regulator gene AGAMOUS-LIKE11 VviAGL11 was fully linked with stenospermocarpy. The concurrent postzygotic variation identified for this missense polymorphism and seedlessness phenotype in seeded somatic variants of the original stenospermocarpic cultivar supports a causal effect. We postulate that seed abortion caused by this amino acid substitution in VviAGL11 is the major cause of seedlessness in cultivated grapevine. This information can be exploited to boost seedless grape breeding. All rights reserved. Abstract Seedlessness is greatly prized by consumers of fresh grapes. Publication types Research Support, Non-U.

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